先天性巨結(jié)腸，目前為止發(fā)病機(jī)制尚不完全明確，一般認(rèn)為，先天性巨結(jié)腸，是一種多基因遺傳和環(huán)境因素共同作用的結(jié)果：
第一，家族性的遺傳因素，該病為先天性多基因遺傳病，有文獻(xiàn)報(bào)告，家族發(fā)病率在1.5%到7%之間，隨著分子生物學(xué)的發(fā)展，對該病的基因定位也有了突破性的進(jìn)展，發(fā)現(xiàn)多種基因與其發(fā)病有關(guān)，比如RET基因被認(rèn)為是主要的致病基因。
第二，環(huán)境因素，影響了胚胎期神經(jīng)節(jié)細(xì)胞的發(fā)育，里面有包括兩個(gè)小點(diǎn)。第一小點(diǎn)，缺血、缺氧導(dǎo)致神經(jīng)節(jié)細(xì)胞的壞死，或者是減少，這是因?yàn)樯窠?jīng)節(jié)細(xì)胞對缺血缺氧最為敏感。第2點(diǎn)，毒素、炎癥的因素，母親在妊娠頭三個(gè)月，如果發(fā)生病毒、細(xì)菌感染，高熱，或者是受外傷，精神、藥物等刺激，均可以導(dǎo)致腸管的痙攣，局部腸壁的水腫，供血不良，從而導(dǎo)致本病的發(fā)生。
