先天性巨結(jié)腸手術(shù)是進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)的巨結(jié)腸根治術(shù)。對(duì)于短段型，常見(jiàn)型巨結(jié)腸來(lái)說(shuō)，可以通過(guò)巨結(jié)腸根治術(shù)來(lái)切除病變腸管。
手術(shù)是在肛門處進(jìn)行，暴露肛門以后在直腸齒狀線上方，環(huán)形切開(kāi)腸管，然后逐步向上切斷血管，游離直腸和結(jié)腸，然后將病變腸管從肛門處拖出后成形肛門。也就是說(shuō)這種手術(shù)方式僅僅在肛門處有手術(shù)切口，而腹部是沒(méi)有切口的，這可以認(rèn)為是一種微創(chuàng)手術(shù)。
但是對(duì)于長(zhǎng)段型或者全結(jié)腸型巨結(jié)腸來(lái)說(shuō)，這種方法無(wú)法進(jìn)行更高位置的結(jié)腸切除，需要聯(lián)合進(jìn)行腹部手術(shù)。腹部手術(shù)可以通過(guò)微創(chuàng)腹腔鏡來(lái)進(jìn)行。在腹腔鏡下，游離近端的結(jié)腸血管，然后經(jīng)肛門拖出腸管。也可以在肚臍處進(jìn)行小切口，然后將近端的腸管從肚臍處拖出，游離血管，切斷腸管，最后再經(jīng)肛門拖出。腹部?jī)H僅在肚臍處遺留一個(gè)比較小的切口，手術(shù)創(chuàng)傷也比較小。
