需氧型的革蘭氏陰性菌是主要的致病菌,最常見的是大腸桿菌和變形桿菌,變形桿菌有很強的合成尿素酶的能力,尿素酶分解尿素使尿液堿化,導致磷酸鹽析出,形成磷酸酶和磷酸鈣結石。
另外的克雷伯氏桿菌合成尿素酶的能力較弱,但可以合成其他有利于形成結石的物質,革蘭氏陽性球菌尤其是凝固酶陽性葡萄球菌、金黃色葡萄球菌和D組鏈球菌,偶爾也會引起急性腎盂腎炎,葡萄球菌可通過血液途徑侵入腎臟引起潴尿癥和腎膿腫,厭氧菌引起的腎盂腎炎是比較罕見的。
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