在臨床上引起腎盂腎炎最常見的致病菌為革蘭陰性桿菌,其中以大腸埃希菌最為常見,約占全部腎盂腎炎的85%,其次為克雷伯桿菌、變形桿菌、檸檬酸桿菌等。另外約有5%到15%的腎盂腎炎由革蘭陽性細菌引起,主要的是腸球菌、凝固酶陰性的葡萄球菌。
大腸埃希菌最常見于非復雜性的腎盂腎炎和首次發(fā)生的腎盂腎炎。醫(yī)院內(nèi)的腎盂腎炎、復雜性的腎盂腎炎、尿路器械檢查后出現(xiàn)的腎盂腎炎,這多為腸球菌、變形桿菌、克雷伯桿菌和銅綠假單胞菌所導致。
另外其中變形桿菌常見于伴有尿路結石者,銅綠假單胞菌這多見于尿路器械檢查以后,金黃色的葡萄球菌最常見于血液性的腎盂腎炎,此外結核分支桿菌、衣原體、真菌也可以導致腎盂腎炎的發(fā)生。