有關(guān)睡眠時相延遲型的發(fā)病機制目前還不明確，推測和時相反應(yīng)曲線異常有關(guān)系，早睡會導(dǎo)致第二天睡眠時相，晚睡也會推遲整個睡眠時相，時相反映曲線的這一個雙向反應(yīng)像是人每天入睡和起床的時間，具有一定的彈性，但是患者時相反應(yīng)曲線，時象前置部分遠(yuǎn)遠(yuǎn)不及正常人明顯。
患者可能對于夜間燈光過度的敏感，向生物鐘傳遞了一個延遲的信號，或者是患者對早晨的光線的敏感，導(dǎo)致失效，提前的這個效應(yīng)減弱，患者晚入睡激活了睡眠時相延遲結(jié)構(gòu)，而且的很難為后來有關(guān)提前睡眠時相的努力所完全逆轉(zhuǎn)，他的結(jié)果就是睡眠時間段后移，只要患者不再更晚入睡，他的睡眠覺醒周期就會暫時維持下來。
引起入睡延遲的一過性原因，具有正常事項反應(yīng)能力的人幾天內(nèi)就可以解決，但是患者的時象大設(shè)定能力比較差，睡眠覺醒周期一般不少于24個小時，常常不可避免的增加一到兩個小時，比方說周末睡懶覺來彌補平時的睡眠不足，這樣便進一步推遲了這個睡眠時相，使原本異常的睡眠周期節(jié)律更加難以恢復(fù)。遺傳因素在發(fā)病中也起了一定的作用，包括晝夜節(jié)律基因的突變，青春期患病率增加可能和他這個生的行為因素共同結(jié)果有關(guān)系，青春期激素的改變可能以某種特定的方式參與了睡眠時相的延遲。
