首先感染性心內膜炎主要是累及到心臟，心衰是最常見的并發(fā)癥，主要是由于瓣膜的關閉不全導致的，主動脈瓣受損者最常發(fā)生，大約見于75%的患者。
其次是二尖瓣和三尖瓣的患者，分別是50%和19%的病人。瓣膜穿孔和腱索斷裂，導致急性瓣膜關閉不全時可以誘發(fā)急性左心衰。
另外就是心肌膿腫，主要見于急性患者，可以發(fā)生在心臟的任何部位，以瓣周組織特別是在主動脈瓣環(huán)多見，可以導致房室和室內的傳導阻滯，還可以導致急性心肌梗死。
還有就是化膿性心包炎以及心肌炎，還有一個并發(fā)癥就是細菌性動脈瘤，大約見于3%到5%的病人，多見于亞急性感染性心內膜炎，受累的動脈依次是近端主動脈、腦、內臟和四肢，一般見于病程的晚期，一般沒有癥狀，多可捫及搏動性腫塊。
還有一個并發(fā)的疾病就是遷移性膿腫，多見于急性的患者，亞急性者少見，多發(fā)生于肝脾骨髓和神經系統。再有就是神經系統的并發(fā)癥，約三分之一的患者有神經系統受累的表現，可以出現腦栓塞，大腦中動脈和分支最常受累。
還有就是腦細菌性動脈瘤、腦出血、中毒性腦病、腦膿腫、化膿性腦膜炎。另外還可以導致腎臟損害，可以表現為腎動脈栓塞、梗死、腎膿腫等疾病。
