病毒性腸炎見于犬瘟熱病毒,犬細小病毒,犬貓冠狀病毒引起的腸炎,在病毒性腸炎中輪狀病毒是嬰幼兒腹瀉的主要病因,而諾瓦克病毒是成人和大齡兒童流行性病毒炎的主要病因。
細菌性腸炎,細菌性腸炎見于大腸桿菌、沙門菌細菌和耶爾細菌、毛樣產芽胞桿菌、空腸彎曲桿菌引起的腸炎。細菌性腸炎的致病因與痢疾桿菌最常見,其次為空腸彎曲菌和沙門菌。真菌性腸炎見于胞漿菌、藻狀菌、曲霉菌、白念珠菌引起的腸,真菌性腸炎以白色念珠菌最為常見。寄生蟲引起的腸炎有球蟲、蛔蟲、鉤形蟲等引起的腸炎。寄生蟲引起的腸炎以溶組織內阿米巴較為常見。