系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者如何服用環(huán)磷酰胺是患者的病情嚴(yán)重程度有關(guān)。對(duì)于一些輕癥或者是病情已經(jīng)緩解的患者可以給予每天每公斤體重一毫克，一般是每天50毫克口服。而對(duì)于病情比較重的患者或者是剛剛進(jìn)入誘導(dǎo)緩解期，則需要每公斤體重每天兩毫克。一般是每天100毫克口服。
環(huán)磷酰胺更多的是應(yīng)用靜脈沖擊治療，通常是按照每周0.4克靜滴，或者是按照每月按身體的平方米零點(diǎn)五到一點(diǎn)零平方米計(jì)算。每月應(yīng)用一次。環(huán)磷酰胺主要和激素配合使用治療狼瘡性腎炎或者合并嚴(yán)重血管炎的患者。
當(dāng)患者的病情好轉(zhuǎn)，進(jìn)入誘導(dǎo)期結(jié)束以后進(jìn)入維持期，可以改為口服環(huán)磷酰胺治療。另外也可以改為口服酶酚酸酯或者環(huán)孢素、硫唑嘌呤等其他免疫抑制劑維持治療。系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者的治療應(yīng)該是以羥氯喹作為背景，就是所有的患者，只要沒(méi)有羥氯喹使用的禁忌癥都需要服用羥氯喹。
