先天性巨結腸原因目前尚不清楚,多數學者認為與遺傳有密切關系,發(fā)病機理是遠端腸管神經節(jié)細胞缺如,或功能異常。使腸管處于痙攣狹窄狀態(tài),腸管近端,腸管代償性增大增厚犯病有時可合并其他畸形。
胚胎學認為先天性巨結腸的腸壁內神經節(jié)細胞缺如,是一種壁內神經發(fā)育停頓,這是外培層神經纖維無法參與正常的腸壁內神經叢發(fā)育。遺傳因素遺傳學的深入研究認識到,先天性巨結腸是遺傳與環(huán)境因素的聯(lián)合致病作用,為多基因和多因素遺傳病,也有人稱之為是多因素遺傳病。