功能性消化不良的病因沒有明確的病因，目前認為其發(fā)病可能與以下多種因素有關。
1、胃腸運動功能障礙。包括空腹時胃運動障礙、餐后胃內食物分布異常，胃內食物過多、過快地進入遠端胃，胃竇-幽門-十二指腸協(xié)調運動異常以及胃排空延遲等。
2、內臟感覺異常。內臟感覺過敏表現為一個或多個部位對機械或化學刺激的敏感性增高。除機械感覺異常外，功能性消化不良患者還可存在十二指腸對酸、脂質等化學物質敏感，出現惡心癥狀。目前內臟感覺過敏的具體機制尚未明確。
3、激素紊亂。胃腸激素是產生于胃腸道內分泌細胞與神經細胞的一種小分子肽類活性物質，有些還存在于中樞神經系統(tǒng)，又稱腦腸肽，其分泌失調是功能性消化不良的發(fā)病機理之一。
4、精神心理因素。功能性消化不良患者較健康人更易具有焦慮、壓抑和疑病等心理障礙。
5、幽門螺旋桿菌。幽門螺桿菌與功能性消化不良的關系一直頗有爭議，流行病學尚未證實幽門螺旋桿菌感染與功能性消化不良發(fā)病的密切關系。但鑒于根除幽門螺桿菌感染后確有部分患者近期癥狀改善，更重要的是可能獲得臨床癥狀的長期緩解，目前大部分學者肯定幽門螺桿菌感染在功能性消化不良發(fā)病中的作用。
