兒童結(jié)核病預后大多良好，很大程度上與病變的范圍及結(jié)核病類型有關(guān)，部分女性兒童因為患結(jié)核病，成年結(jié)婚以后發(fā)生不孕癥，治療不規(guī)范的，可以發(fā)生耐藥甚至耐多藥結(jié)核病。
肺結(jié)核經(jīng)過積極的抗結(jié)核治療，大多可以完全痊愈，原發(fā)灶以鈣化方式愈合；干酪性肺炎則可以留有纖維條索及結(jié)核性支氣管擴張，如果沒有經(jīng)過合理的治療，病灶可以長期殘留，甚至進展、惡化，形成慢性纖維空洞。
結(jié)核性胸膜炎預后良好，少數(shù)病例可留有胸膜粘連或者增厚，治療不規(guī)范的胸膜炎常常發(fā)生嚴重的胸膜增厚，導致兒童脊柱側(cè)彎、胸廓畸形，部分患兒在正規(guī)治療的過程中，仍然可能出現(xiàn)病側(cè)單發(fā)或者是多發(fā)的胸膜結(jié)核瘤。
結(jié)腦的轉(zhuǎn)歸取決于抗結(jié)核治療的早晚，治療方法是否正確以及年齡等，發(fā)現(xiàn)治療不及時，免疫力低，五歲以下的兒童及病程漫長的，死亡率最高。
腹腔結(jié)核的預后與腹腔病變及粘連有關(guān)，病變范圍廣，病情重，粘連明顯，即便結(jié)核治療，發(fā)生腸梗阻的幾率也是比較高的。
