首先是藥物治療，采用藥物來對抗或抑制卵巢的周期性內(nèi)分泌刺激。最初是用睪丸酮類的雄性激素，因為副作用較大而且效力亦不夠強，已逐漸摒棄不用，后來則逐漸發(fā)展成了假孕療法及假絕經(jīng)療法。
(1)假孕療法。是用孕激素避孕藥物，以更大的劑量不間斷的長期服用，使得月經(jīng)停止來潮，子宮內(nèi)膜異位癥的子宮內(nèi)膜在藥物作用下發(fā)生類似妊娠的反應(yīng)，所以又叫假孕療法。常用的藥物有安宮黃體酮、普維拉、內(nèi)美通等。
(2)假絕經(jīng)療法。目前廣泛使用促性腺激素釋放激素激動劑，常用的叫戈舍瑞林，它主要是能非常強烈的抑制卵巢的功能，使其幾乎完全失去作用從而達到治療目的。這類藥物能使子宮內(nèi)膜產(chǎn)生類似絕經(jīng)婦女的萎縮現(xiàn)象，故稱假絕經(jīng)療法。
除了藥物治療外還可以采取手術(shù)療法。一般認為卵巢上發(fā)生的巧克力囊腫，病變體積往往較大，或發(fā)生在其他部位的子宮內(nèi)膜異位結(jié)節(jié)，直徑在2厘米以上者，不宜用藥物控制而需要手術(shù)治療?；蛘呓?jīng)過六個月甚至一年的藥物治療病情仍不見好轉(zhuǎn)，也應(yīng)考慮手術(shù)切除。
