腸結(jié)核的病原菌為結(jié)核分枝桿菌，結(jié)核分枝桿菌在分類上屬于放線菌目，分支桿菌科分支桿菌屬，包括人行流行非洲型和屬性。
腸結(jié)核的主要致病菌是人型結(jié)核分子桿菌，侵犯腸道的途徑有如下：
第一，胃腸道感染是主要的感染途徑，通常含有分枝桿菌的物質(zhì)可以發(fā)生腸結(jié)核。人的腸結(jié)核主要是由于結(jié)核分枝桿菌經(jīng)口侵入腸道而引起?；颊叨嘤虚_放性肺結(jié)核或者是喉結(jié)核，因經(jīng)常出現(xiàn)結(jié)核分枝桿菌的痰液而引起腸結(jié)核。另外經(jīng)常和開放性肺結(jié)核患者密切接觸也可以被感染。少數(shù)地區(qū)有因為飲用未經(jīng)消毒的帶菌牛奶和乳制品而發(fā)生流行結(jié)核分枝桿菌腸結(jié)核。
第二個血行播散也是場結(jié)合的感染途徑，常發(fā)生于急性血行播散型肺結(jié)核患者。通過血型播散侵犯腸道是全身播散的一部分，還伴有結(jié)核性腹膜炎和腸系膜淋巴結(jié)結(jié)核。
第三個直接蔓延，臨近的結(jié)核病灶，如女性的盆腔結(jié)核，結(jié)核性腹膜炎，腸系膜淋巴結(jié)結(jié)核，可以直接蔓延至腸道引起腸結(jié)核。
