目前認(rèn)為功能性消化不良的發(fā)生是由多種因素綜合作用的結(jié)果，主要包括幽門螺旋桿菌，精神心理因素，胃腸道感染病史，例如細(xì)菌性痢疾，阿米巴痢疾等，還有就是基因的差異。研究表明，功能性消化不良患者與正常人群存在某些基因結(jié)構(gòu)表達(dá)和功能方面的差異。
功能性消化不良癥狀可以長期存在，如果癥狀反復(fù)發(fā)生，需要考慮以下情況的可能：
第一，功能性消化不良診斷依據(jù)是否充分，也就是說是否存在某種可引起消化不良癥狀的其他疾病。
第二，患者僅僅服用了藥物，卻忽視了對飲食結(jié)構(gòu)規(guī)律以及生活方式的調(diào)整。
第三，部分患者同時(shí)存在明顯的精神心理癥狀，需要同時(shí)進(jìn)行精神心理治療。
此外，運(yùn)動(dòng)后馬上吃飯不會(huì)導(dǎo)致功能性消化不良，但是在運(yùn)動(dòng)后，尤其是劇烈運(yùn)動(dòng)后，氣息不順暢，這時(shí)候進(jìn)食，對胃腸蠕動(dòng)也不如平靜狀態(tài)下穩(wěn)定，對消化功能還是有一定影響的。
