對于皮膚的黑色素瘤需要進行鑒別,與尋常型的黑色素痣、不典型的黑色素痣、以及外傷性的痣、藍痣、雀斑、色素沉著型肌底細胞癌、細胞沉著型日光性角化癥、脂溢性的角化病、化膿性的肉芽腫、櫻桃狀的血管瘤、皮膚纖維瘤、角化棘皮瘤等等進行相互鑒別。
甲下黑色素瘤需要與其他的甲下褐紋、甲床下的血腫進行鑒別,對于頭頸部、外陰或者是陰道直腸,肛管黏膜黑色素瘤需要與黏膜的黑變病或者是局部黏膜的其他的原發(fā)性腫瘤相鑒別,比如有鼻咽癌的或者是肛管癌的或者是乳腺Paget病都要相互的去鑒別,鑒別更重要的是依賴于組織的病理學,組織的確診,和免疫組化的確診。